2009年4月，中国科协制定并颁布了《全国科普教育基地认定办法（试行）》（以下简称《办法》），据此将开展第三批全国科普教育基地的申报和认定工作。
中国科协于1999年开展了全国科普教育基地创建活动，并分别于1999年、2005年先后命名了261个全国科普教育基地。在2003年颁布《全国科普教育基地标准》的基础上，中国科协出台了《全国科普教育基地认定办法（试行）》。随着该办法的实施，中国科协将进一步加强全国科普教育基地的建设力度，并对全国科普教育基地实行动态管理。
《办法》规定了全国科普教育基地应当具备的条件，明确了申报资格、申报程序、步骤和认定办法。根据《办法》，凡符合相关规定，且科普活动特色鲜明，科普工作成效显著，具有示范带动作用的场馆或设施，均可自愿申请成为科普教育基地。全国科普教育基地的申报，采取属地和行业系统相结合的方式进行。省级科协或国家相关部门受理本地或本系统全国科普教育基地的申报，填写推荐意见后报中国科协。对部分科普教育业绩突出，社会影响力大，且符合相关基本条件的科普教育基地，可由省级科协或国家相关部门直接推荐申报全国科普教育基地。
中国科协将会对申报单位组织专家评审，评审结果进行社会公示。社会公示后，由中国科协命名“全国科普教育基地”，颁发证书、牌匾，享受国家给予公益性科普事业的相关优惠政策。全国科普教育基地的命名期限为5年。命名期结束后，经综合评估认定为合格，可被继续命名为全国科普教育基地。
全国科普教育基地是为公众提供科普服务的重要平台，是科普工作的重要载体。它通过利用自身优势条件，积极吸纳和使用社会各方面的优秀科普资源，面向公众开展社会化科普活动，对全民科学素质的提高起到了积极的促进作用。
2009年，依据新出台的《全国科普教育基地认定办法（试行）》，中国科协将开展第三批全国科普教育基地的申报和认定工作。同时，中国科协将对前两批全国科普教育基地进行评估和认定，综合评估认定为合格的，将继续命名为全国科普教育基地。
2008年中国科协对全国科普教育基地发展状况的调研显示，全国科普教育基地存在以下问题：科普展示和教育能力不足；学校科学教育与科普教育基地科普活动的衔接不够；国家有关的科普优惠政策难以具体落实到科普教育基地；各级科协组织对科普教育基地的服务水平不高；现有科普教育基地的类型对覆盖农民这个重点人群考虑不够等。（张炜哲房瑞标）
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