鳍甲鱼又称异甲鱼，是甲胄鱼中的另一类代表。鳍甲鱼也繁盛于晚志留世至早泥盆世，但是它们最早的记录如星甲鱼却更早地出现在奥陶纪。由于奥陶纪的材料均是些破碎骨片，至今对动物全貌了解甚少，主要根据甲片在显微构造上与一般鳍甲鱼的相同，而归于此类。

鳍甲鱼身体前部也包裹在甲胄中，然而其甲胄要比头甲鱼或盔甲鱼的复杂得多，而且变化很大。主要是由一件背甲和一件腹甲及一对鳃甲组成。有些种类在上述四件甲片间尚有一些小的甲片；在另一些种类，所有甲片又会与背甲、腹甲愈合在一起。一般在前端背甲突出于腹甲之前，形成长吻。口孔位于吻的腹面，背甲与腹甲之间。也有些种类背甲短于腹甲，因此口孔位于背面。

鳍甲鱼没有偶鳍，尾鳍为倒歪尾。由于每侧的鳃囊都先开口于一总的输出管，因此只有一对总出鳃孔在甲胄两侧后部。

鳍甲鱼的眼孔较小，位于甲胄背面两侧，少数种类眼孔退化，成为盲鱼。松果孔常封闭而不外露。在头甲鱼、盔甲鱼和缺甲鱼中非常注目的单个鼻孔，在这里却不存在，于是鳍甲鱼鼻孔存在的位置和究竟是一个鼻孔还是两个鼻孔就成了一个长期争论的问题。一派认为鳍甲鱼眼不发达，甚至为盲鱼，同时又只有一对总出鳃孔，这都和盲鳗类同；因此认为鳍甲鱼应为一个鼻孔，位于吻突之下、口的上方。按照这派的观点，鳍甲鱼乃是盲鳗的远祖，而七鳃鳗和头甲鱼、缺甲鱼则属另一个枝系，所以现生圆口类具有两个起源，也就是主张多源论。

另一派则根据在背甲腹面（内面）靠近前缘存在一对凹坑，并把这对凹坑解释为一对嗅囊的印痕。既然嗅囊是一对，当然鼻孔也应是一对，根据这一推测也曾提出这里或那里是鼻孔的位置。依照后一派的观点，圆口类和头甲鱼等具有一个鼻孔的甲胄鱼属于一个自然类群，因此圆口类有着同一起源。而鳍甲鱼因有两个鼻孔，被认为可能与有颌脊椎动物有某种亲缘关系，因为后者也是一对鼻孔。

由于两派都不能从鳍甲鱼的甲胄上指出令人信服的鼻孔位置，同时因为鳍甲鱼内颅本身未曾骨化，所以在化石中没有保存，仅是某些鳍甲鱼背甲腹（内）面保存有内颅的印痕，但两派对印痕的解释持有不同看法，特别是上面提到的那对凹坑是否代表嗅囊就是争论之一。因此，由于证据的不足，对鳍甲鱼在系统发生上的位置的争论，持续了几十年。后来发现于中国的多鳃鱼，对于这个争论的解决提供了有力证据。